Ngày 05/10/2020, UBND tỉnh Quảng Trị đã ra Quyết định số 2860/QĐ- UBND về việc thành lập Ban Điều hành cửa khẩu.
Theo đó, Ban Điều hành cửa khẩu gồm các thành viên: Trưởng ban: Trưởng Ban Quản lý Khu Kinh tế tỉnh; Phó trưởng Ban thường trực: Giám đốc Trung tâm quản lý cửa khẩu; Các Phó Trưởng ban gồm: Trưởng văn phòng Đại diện Ban Quản lý Khu Kinh tế tại Lao Bảo, Chi Cục trưởng Chi cục Hải quan Lao Bảo, Chi Cục trưởng Chi cục Hải quan La Lay, Đồn trưởng Đồn Biên phòng cửa khẩu Quốc tế Lao Bảo, Đồn trưởng Đồn Biên phòng cửa khẩu Quốc tế La Lay, Giám đốc Trung tâm Kiểm soát bệnh tật tỉnh; Các thành viên gồm: Lãnh đạo, công chức, viên chức thuộc các lực lượng chức năng tại cửa khẩu; Cơ quan thường trực: Trung tâm Quản lý cửa khẩu.
Ban Điều hành cửa khẩu sử dụng con dấu của Ban quản lý Khu kinh tế tỉnh khi Trưởng ban Ban Điều hành ký và con dấu của Trung tâm Quản lý cửa khẩu khi Phó Trưởng Ban Điều hành thường trực ký.
Ban Điều hành cửa khẩu có nhiệm vụ thực hiện quản lý các hoạt động tại các cửa khẩu theo quy định chung tại Quy chế điều hành hoạt động tại các cửa khẩu biên giới đất liền ban hành kèm theo Quyết định số 45/2013/QĐ-TTg;
Xây dựng và ban hành Nôi quy cửa khẩu và tổ chức thực hiện nội quy cửa khẩu sau khi ban hành; Tổ chức thực hiện điều hành, phối hợp hoạt động của các lực lượng chức năng tại các cửa khẩu trong hoạt động kiểm tra, kiểm soát đối với xuất nhập khẩu hàng hóa, xuất nhập cảnh người, phương tiện giao thông vận tải qua lại cửa khẩu;
Bố trí địa điểm kiểm tra, kiểm soát của các lực lượng chức năng quản lý chuyên ngành tại các cửa khẩu thống nhất, hợp lý, thông suốt, đáp ứng yêu cầu thực hiện chức năng nhiệm vụ của các lực lượng chức năng tại cửa khẩu theo quy định của pháp luật; Tổ chức và giải quyết những vướng mắc phát sinh liên quan đến hoạt động chuyên ngành của các lực lượng chức năng tại cửa khẩu.
Đảm bảo thời gian làm việc của các lực lượng chức năng tại cửa khẩu theo đúng quy định tại nội quy cửa khẩu; Phối hợp kiểm tra, kiểm soát trong cùng một thời gian đã thống nhất giữa các cơ quan quản lý cửa khẩu của hai nước có chung biên giới Việt Nam và Lào.
Tổng hợp ý kiến của các tổ chức, cá nhân có liên quan về các giải pháp điều hành hoạt động tại cửa khẩu, báo cáo Chủ tịch UBND tỉnh quyết định hoặc kiến nghị với các ngành chức năng xử lý theo quy định của pháp luật.
Và thực hiện một số nội dung khác theo chuyên môn, nghiệp vụ của mình.
Trước đó, năm 2014, UBND tỉnh Quảng Trị cũng đã thành lập Trung tâm Quản lý cửa khẩu tỉnh Quảng Trị để quản lý hai cửa khẩu quốc tế là Lao Bảo (Hướng Hoá) và La Lay (Đakrong).